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Ses missions multiples et variées ont justifié une organisation du département en plusieurs unités responsables chacune d’un domaine particulier du champ de la médecine des collectivités militaires :
- unité de surveillance épidémiologique - unité de veille sanitaire - unité d’entomologie médicale - unité de recherche en épidémiologie
Ces quatre métiers sont parfaitement complémentaires, des liens forts et des échanges permanents existent entre les équipes permettant une expertise commune tant au bénéfice de l’ensemble des armées, du Service de santé des armées que pour l’enseignement de la santé publique dans les armées. Chaque unité assure dans son domaine des activités de services, d’enseignement et d’expertise et participe à certaines activités de recherche.
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